no relatorio padrao nao tem filtro por filial, em personalização do relatorio tem como colocar o filial de / ate ?
Não entendi muito bem a sua pergunta, mais se for relatorio padrão Treport provavelmente você consegue fazer esse filtro entrando em outras ações - personalizar - filtro.
Se seu relatório é personalizado acredito que basta ajustar a query e adicionar na pergunta que irá resolver.