Bom dia Camila, para que essas baixas(estornos) nao apareçam no extrato bancário você pode usar a opção de "EXCLUIR BAIXA" ao invés de "ESTORNAR BAIXA", quando você utiliza a opção de estorno o sistema entende que houve também o estorno no seu banco, então o extrato do protheus precisa apresentar esse estorno para ficar igual ao seu extrato.
Uma outra forma é você não conciliar esse estorno, e quando for tirar o relatório você marca a opção de CONCILIAÇÃO = CONCILIADOS.