Boa tarde,
O SQlite já está presente no binário do Protheus e sim, você pode trabalhar com ele no lugar do CTREE. A grande vantagem de criar uma tabela no SQLite contra o CTREE é o fato que é uma tabela SQL, sendo assim você consegue fazer uma query, por exemplo.
Veja essa documentação, ela cita alguns drivers do SQLite, tem um deles que é temporário, ou seja, pode ser uma outra vantagem, caso queira trabalhar com um arquivo que não precisa ser persistido e mantido no sistema de arquivos, também tem um que utiliza a memória, tendo uma ótima performance:
http://tdn.totvs.com/display/tec/DBCreate
Mas... Como sempre, vai muito do seu uso, implementação e necessidade! =)